En 1592, tous les prieurés
augustins d'Espagne sont supprimés. Un an plus tard, le prieuré
et ses biens sont donné au nouveau diocèse de Solsona, en Catalogne,
qui le conservera jusqu'en 1896.
L'application de cette décision est affective en 1612 à la mort
de Jaume Serra, dernier prieur de Serrabona.
L'église Sainte Marie reste pendant deux siècles la paroisse
du petit village de Serrabona.
On signale que bergers et troupeaux
se réfugient occasionnellement dans le cloître ou l'église.
En 1819 un effondrement partiel de la nef se produit.
En 1822 la commune de Serrabona, pauvre et dépeuplée, est supprimée.
Remarquée par les archéologues, il est visitée par Mérimée
en 1834 :
elle devient l'un des tout premiers "monuments historiques".
A partir de 1836 les
premiers travaux de consolidation sont réalisés, complétés
au XX° siècle
par de nombreuses campagnes de restauration qui vont assurer le sauvetage
définitif de l’édifice.
Offert au Département des Pyrénées-Orientales par la
famille Jonquères d' Oriola en 1968,
le Prieuré de Serrabona, "la bonne montagne" est depuis cette
date ouvert au public.
